基于质谱的蛋白鉴定和表征策略是，蛋白质从生物样本中提取出来后采用自下而上或者自上而下的分析方法。前者，复杂混合物中的蛋白质通过酶解后可以被多肽指纹质谱直接采集或者进一步在线分离后经串联质谱分析。而鸟枪法是将蛋白质混合物完全酶解为大量肽段后，运用多维度液相分离后经串联质谱分析。后者，复杂的蛋白质混合物经由分级纯化为单一蛋白质组分或者较为简单的蛋白质混合物，随后离线打入质谱中进行完整蛋白测量和碎裂分析。现在，科学家们常常采用在线的液相质谱技术进行大队列蛋白质组学鉴定。
经典自下而上质谱蛋白质组分析策略：
l 鸟枪法，亦称发现蛋白质组。其产生的数据库能够进行生物样本中庞大数量的蛋白质鉴定，针对较高丰度的蛋白质分析重现性非常好。
l 相比发现蛋白质组方法，明确方向地鉴定、定量分析特定的预定蛋白质组，方法重现性更佳。
l 靶向蛋白质组以更高检测灵敏度和动态范围定量分析预先选定的小片段蛋白质组。
l 采用DIA分析的质谱仪器，使得鉴定样本中所有蛋白质成为可能。
